宁夏哈巴湖国家级自然保护区是在原盐池机械化林场基础上建立的。2001年7月，经盐池县人民政府批准建立哈巴湖县级自然保护区，同年12月批准建立骆驼井县级自然保护区。2003年3月，经自治区人民政府批准建立宁夏哈巴湖区（省）级自然保护区，2006年2月，经国务院批准哈巴湖自然保护区晋升为国家级自然保护区，2008年10月，经宁夏回族自治区编委会批准，将盐池机械化林场变更为宁夏哈巴湖国家级自然保护区管理局，隶属自治区林业厅管理。管理局下设高沙窝、柳杨堡、骆驼井、哈巴湖、二道湖、城南、堡子台、东门8个管理站（分场），18个管护点，建立了管理局－管理站－管护点三级管护体系。管理局内设办公室、计财科、纪检监察室、资源保护科、科学技术与宣传教育科、防火科、生产科七个职能科室。