2004年12月国家正式建立中央森林生态效益补偿基金，标志着我国森林生态效益补偿制度的实质性确立，在我国林业发展史上具有重要的里程碑意义。

    哈巴湖国家级自然保护区2004年纳入森林生态效益补偿范围。截至2012年保护区共有4.62万公顷生态公益林纳入国家森林生态效益补偿范围，年补偿资金547.2万元。通过生态公益林补偿项目的实施，林权所有人得到了经济补偿，生态公益林建设和管护积极性得到极大提高。保护区森林的营造、抚育、保护和管理得到了进一步加强，森林质量不断提高，森林群落结构趋于稳定，防风固沙等生态功能明显增强，土地荒漠化强度逐年降低，面积不断减少，湿地资源得到恢复和扩大，生物物种丰富度不断提高。

    哈巴湖国家级自然保护区2014年纳入湿地生态效益补偿试点。保护区内及周边一公里范围内基本农田和第二轮承包土地187834亩纳入补偿范围，同时开展因保护湿地遭受损失或受到影响的湿地周边社区开展生态修复、环境整治等工作。年补偿资金3000万元。