哈巴湖保护区于2006年2月由自治区级晋升为国家级自然保护区。保护区自建立以来，积极贯彻、执行国家的各项有关方针、政策。开展了保护管理、科学监测、宣传教育、基础设施建设和社区建设等大量工作，保护区动植物资源和生物多样性得到了有效保护。为了适应新时期保护区发展的需要和国家有关保护区标准化建设的要求，更好地处理保护与发展、保护与适当开发以及协调好保护区与周边社区关系。保护区完成了基础设施工程建设。经过多年建设，保护区基础设施明显完善，管理能力大幅度提高，保护力度进一步加大，动植物资源保护工作也取得了新成效。初步建立起了保护管理、科研监测、公众教育、可持续发展等体系。同时，保护区基础设施建设项目的实施，也使哈巴湖国家级自然保护区成为科研考察的重要基地和自然保护的大课堂，有力地推动了野生动植物保护和保护区事业的发展。